自从最高统帅部大本营下令唐生智兼任南京卫戍司令长官及南京卫戍军战斗序列后，新成立的南京卫戍长官司令部立即开始制订具体的南京防守计划。
由于最初的时候，卫戍军主力仅有第88师、36师及教导总队，而且又都是由淞沪战场撤至南京补充整理但尚未完成的部队，所以兵力严重不足，这种情况下，南京卫戍长官司令部不不得不下令放弃东南主阵地带的既设国防工事，仅防守复廓阵地。
其防守计划以固守附廓据点及域垣为目的，策定防御部署要旨如下：以第88师任右地区雨花台及城南之守备。以教导总队任中央地区紫金山及城垣东部之守备。以第36师任左地区江山、幕府山及城北之守备。以宪兵部队任清凉山附近之守备。以教导总队之1团及乌龙山要塞部队，警戒长江封锁线。
然而当日军突破锡澄线阵地时，大本营下令，原先留南京的作战组返回武汉统帅部，以第三3战区副司令长官-顾祝同收容从淞沪战场撤下的部队，第3战区长官司令部暂去扬州。
为了加强南京的防守力量，军委会有下令从正向浙、皖、赣边区转移的第3战区部队中留下个师，并从武汉的第7战区部队中调来两个师。
在兵力增加后，卫戍长官司令部又决定恢复以东南主阵地带为第一道防御阵地，以加大阵地纵深、增强防御韧性。其具体部署为：以第72军派出右侧支队至江宁镇附近，任右翼掩护。以第74军任牛首山至淳化镇附近之守备，并向秣陵关、湖熟镇派出前进部队。第66军任淳化镇附近至伏牛山的守备，并向句容附近派有力之前进部队。第83军任伏牛山附近经拜经台至龙潭之守备。向下蜀派出前进部队。
而当徐源泉第2军团即将到达南京时，长官司令部又修改命令，以第83军推进至镇江、丹阳附近，令第2军团接守第83军在龙潭一线的阵地。
这样一来，镇江除江阴要塞部队外尚有第71军、第103、第112师。71军军长王敬久负责指挥镇江要塞部队。进行此处的防御作战。
而日军方面，自从11月24日。华中方面军制定了《第二期作战计划大纲》之后，25日，该大纲下发到了第10军、上海派遣军各部队。同时，华中方面军司令官-松井石根大将下令两军在无锡-吴兴一线准备此后的作战。
根据《第二期作战计划大纲》，华中方面军决定在无锡-吴兴一线以东，截止12月上旬做好准备后，为攻占南京而一举突进。11月下旬上海派遣军突破吴
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