原本以为会一帆风顺的越南事件，想不到最后还是出了点事情，越南平复后，江南水师的两个营稍作了休整，就重新启航，返程前往泉州，不料在吕宋（菲律宾）附近海域遭遇弗朗机（西班牙）的船队，西班牙人大概是第一次看到明朝的水师，以为会对他们不利，加上双方言语不通，就开打了。这一战，大概只是打断了几根桅杆、甲板破了几个洞的样子，双方应该都没有尽全力，就这样略加接触后，西班牙船队便撤退了。
江南水师的这两个营主要是负责运输和护航，装有火炮的战舰只有二十余艘，其余是大量的运输船只，所以船队拉得很长。事故就这样发生了，西班牙人去而复返，正好截住了江南水师后面的运输船，在后面护航的几艘战舰寡不敌众，无法保护运输船，被西班牙人击沉了一艘，击伤了五六艘。
接到信号后，前面的战舰折返，合力赶走了西班牙人，将落水的士兵救起，然后返回了泉州。
万历接到奏报后，知道这是一个开端，明朝海事的一个开端，这七年来，明朝的天津、江南、广州三地船厂日夜造船，不知道花掉了多少税银，而除了江南水师这两年因为台湾跟日本海盗有些小战斗外，这支强大的东方舰队，还从未驶离港口、从未出现在西方人的视野里对万历花大量的税银在造船上，大臣们一向是很有意见的，这其中也包括张居正，所以万历是挖空心思啊，那段时间，万历天天都找借口，看吏部的官员名单。一遍一遍地看，希望能把所有自己有点印象的名字都找出来，虽然万历的历史知识水平有限，但所幸穿越前刚看过一本明朝小说，像宋应昌、邓子龙、俞大猷、陈等人，还是被万历发现了。
这几个人都是出了名的热衷海事，又受到了万历地重用，他们才不会理会朝中大臣。该怎么做就怎么做，而且他们对于海上作战都很有自己的一套，所以各地水师的发展，都大大出乎了万历的意料，要不是自己穿越了过来，万历可能一辈子都不知道，明朝的船舶技术是这么的先进。明朝人民的制造效率是这么的高。
现在据万历所知，天津水师有六个营，江南水师有八个营，广州水师是四个营，总共约有大小战舰两千余艘。因为各地地总督不同，所以各地的舰队状况略有不同：天津水师的主力舰只偏大，据说接近当年郑和下西洋时的水平；江南水师的特点就是火炮装载数量多，分为三层，三层各是不同射程、不同威力的大炮；广州水师则是根据当地海域的特点，船只大多是风帆、划桨双动力地。而且结构复杂，有很多专为南海海域考虑
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