由于东林党人威胁到其他非东林党人的利益，许多非东林党的官员为自保也纷纷以地域为单位，以高官为领袖，结成帮派，一时朝中宣党、浙党、楚党、齐党林立，他们联合起来打击东林党人。斗争由原来的阁部之争和门户之争逐渐演变为党派斗争，规模进一步升级，性质更加严重，影响也更加恶劣，明代政争急剧恶化，进入一个前所未有的新时代，非但如此，他们以自身利益出发，百般反对朝廷向工商业者收税，并借着崇祯帝清除魏忠贤势力的时机，取消或降低了海外贸易税、矿税、盐税、茶叶税等税种的税负，使得明末的财政收入来源更加单一，朝廷的税收来源更加依赖于普通的农民，再加上当时各种天灾不断，造成了大量农民破产，形成大量流民，直接导致了明末的农民大起义。所以后人有批评指责东林官员”对于明王朝的灭亡，他们比太监说犯的罪责更大，这话儿未免有些夸大，但也不能否认东林党人在明朝末年并没有起到很好的作用，反而将朝局推到了更恶劣的境地，李自成打到北京时，叫大臣来上朝，没一个肯来的。崇祯曾六下罪己诏，但他临终的遗言却是“诸臣误朕也。”罪了六次己，最终得出的感悟是：错都在你们，明熹宗临死前曾专门叮嘱崇祯说，魏忠贤“恪谨忠贞，可计大事”。人之将死，其言也善。朱由校在生命最后时刻对魏忠贤给予如此高的评价，固然掺杂着个人私情，但最主要的是他认识到了魏忠贤在处理“大事”方面的清醒和果决，尤其是在维护大局、知人善任、赏罚分明的关键问题上。
平心而论，魏忠贤为巩固个人权势，未免有党同伐异、残忍歹毒的罪恶一面，但从他曾经力排众议、大胆起用辽阳战败后遭受谗言的熊廷弼，抛开私怨、违心推荐赵南星、孙承宗等一批能臣直臣等诸多方面，可以看出，他还是心系大明江山的。魏忠贤主政期间，国内形势良好，辽东局势平稳，这还是应该被认同和肯定的。
崇祯即位的时候，海内难民揭竿四起、关外清兵虎视眈眈，在这种内忧外患的严峻形势下，朝廷迫切需要一位富有处理军国大事经验，以及善于把握动荡时局的“能人”来独当一面，虽然无法扭转国势日衰、积重难返的败亡趋势，但也不至于在短时间内坍塌崩溃。但崇祯为了整饬内政和平息民愤，更是为了独掌大权，借着朝廷文武大臣的“倒魏”怒潮，以迅雷之势，一举肃清了以魏忠贤为首的阉党集团。
崇祯十七年三月十四日，也就是他煤山上吊自杀殉国前的第五天，崇祯在大势已去、大厦将倾的绝望中，在听到太监曹化淳说的那句“忠
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