右副都御使练子宁，逮后对朱棣语不逊，被朱棣断其舌，磔死。宗族弃市者一百五十一人，九族之亲被抄灭戍远方者又数百人。
右副都御使茅大方，曾写诗给朱棣的姐夫梅殷表示了和朱棣抗争到底的决心，朱棣即位后捕茅大方至南京，连同茅子顺童、道秦、文生同时处死。
大理寺卿相胡闰，穿着孝衣哭着去见朱棣，以示对文帝的怀念。朱棣令换衣，死活不肯，朱棣令力士以铁瓜打落其齿，又将他缢杀，还用灰蠡水浸泡其尸，剥下皮，挂在武动坊。
监察御使高翔，着孝服见朱棣，朱棣怒杀之，籍灭其家产，同族处死，亲戚戍边，对租赁高翔家田产的人，还格外加税，让租佃户世代痛骂高翔。
建文帝大理寺丞刘端弃官逃去，被抓入殿。朱棣问：“练子宁、方孝孺是什么样的人？”
刘端笑答：“忠臣也！”
朱棣问：“汝逃，忠乎？”
刘端回答：“存身以图报耳！”
朱棣狼性大发，命人用刀割去刘端耳鼻，狞笑着问满头血污的刘端：“作如此面目，还成人否？”
刘端骂道：“我犹有忠臣孝子面目，九泉之下也有面目去见皇祖！”
朱棣狂怒，亲手用棍棒把刘端捶击而死。
他本以为这一切与他这样一个九岁的孩童不相干，可他家与户部侍郎卓敬沾亲，那卓敬与建文初年曾秘密上书，秘密上疏说：“燕王智谋绝伦，并有雄才大略，酷似高皇帝。北平地势优越，兵精马壮，金、元即由此兴起。现在应当将他改封南昌，万一有变，也容易控制。事情即将萌发而未行动，那是由于时机未到，而考虑可以行动的时间则要依据形势。形势还未成熟时便不能做出决断，而时机还未明朗便不能给予明察。”上奏到达朝廷，第二天皇上召问卓敬。卓敬叩首道：”微臣所言乃天下至计，愿陛下明察。”但是此事竟被搁置。燕王登基后，卓敬亦被逮捕。朱棣指责他曾建议改封一事，离间骨肉之情。卓敬厉声说道：“可惜先帝没有采纳我的建议。”皇上十分生气，但仍怜惜卓敬的才能，下令将他下狱，派人以管仲、魏征之事相劝。卓敬流着泪说：“身为人臣，只有以死相报。先皇帝曾无过失，忽然被横行篡夺，我恨不得立即死去，到地下去见先皇，你还想让我为你效力吗？”朱棣还是不忍杀他。姚广孝以前与卓敬有隔阂，便进劝皇上：“卓敬之言如果真的被采用，皇上难道还会有今日吗？”皇上这才处死卓敬，并灭其三族，他家也因此收到了牵连，被抄家问斩，而
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