在九州的六国两岛内，神道、佛道以及耶稣教会都被允许存在，宗教并不违法，而挑起宗教事端或则造成各个教信徒对立的，就会遭受到极其严厉的制裁。另一方面，秀秋还在制定神道、佛道、耶稣教会等等宗教不能得到任何的土地，没收来耶稣教会在长崎、茂木的土地也提上来议程。
另一方面，文化部开始在民众当中传播西班牙、葡萄牙的恶行，还将耶稣教会的罗马教皇将大和民族列为三等贱民的宣告出来，引起来耶稣教会在九州的骚动，也引起来民众的反感，越来越多的地方出现了反抗耶稣教会的行为。
庆长五年（1600年）九月下旬，萨摩鹿儿岛的耶稣教会传教士葡萄牙人莫雷拉强行向大和人传教，蓄养并且迫害奴隶，被鹿儿岛的新任奉行官抓捕并且判罪。
这一件事情原本并不是非常复杂，但是奉行官们很快就搜查出来的书信当中发现，许多耶稣教会的传教士开始秘密串联，他们蛊惑并且鼓动当地的教民，阴谋反抗政府。
当月十九日，教徒围攻鹿儿岛地方裁判所，莫雷拉脱逃，次日他宣布九州太宰府违背来上帝、圣母、教皇所颁布之神圣旨意，引诱天主的信徒走向迷惘、愚昧、邪乱和堕落的边缘。
他号召所有天主教徒发动圣战，来推翻九州太宰府的统治。一时间岛原、天草两地的信徒暴动起来，包括已经被剥夺了领地的锅岛直茂和大村喜前也加入了这场斗争当中去来，局势顿时有些收势不住的样子。
九州肥前的岛原半岛是战国时代切支丹大名有马喜前的领地，有着不少热烈信仰的教徒和侵略朝鲜等战役躲避战祸流落此地的浪人武士，更是聚集来一批秀秋没落了领地石高的武士。
而岛原南面的天草岛，本是另一名切支丹大名小西行长的旧领地，九州光复战争后小西行长移封到来筑后柳川。这里是天主教在日本的发祥地，丰臣秀吉禁教后还将各地的神学院、修道院全都移动到这里来，传播西洋文化。
十月一日，本是一个快乐的日子，在莫雷拉的授意下，原大村家主大村喜前的家老大村直宪汇合了七、八百人包围了并放火烧了岛原港口的奉行馆舍，杀害了数名日野江六万五千石领主有马晴信派来的奉行官，开始聚集兵力向着日野江城进发。
同时在天草的信徒也在传教士的蛊惑下发动起义，围攻天草的本渡、栖本两城。
这是一场耶稣教会为了能够在九州获得生存权的一场有计划有行动纲领的大规模暴动，传教士们推举莫雷拉为首领，开始在各
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